Potrivit surselor citate, nu se ştie în ce măsură activităţile al-Qaida sunt tolerate sau încurajate de Guvernul Iranului.
Cu toate acestea, membrii al-Qaida, care au legături cu conducerea din Pakistan şi cu filiale din Levant şi nordul Africii, beneficiază de o mare libertate de mişcare în Iran. În plus, crearea unei baze a reţelei în Iran pare să nu aibă legătură cu alţi lideri al-Qaida, nici măcar cu Saad ben Laden, fiul lui Osama ben Laden, deţinut de autorităţile iraniene din 2002.
"Cea mai conservatoare ipoteză este că autorităţile iraniene tolerează activităţile. Dar există dubii în legătură cu asta", afirmă un oficial american.