Borrelli a murit într-un spital din Milano.
În urma anchetei coordonate de procurorul Borrelli au fost arestaţi sute de oameni de afaceri şi politicieni, iar multe cariere politice au fost distruse.
Magistraţii care au instrumentat ancheta „Mâini curate” au fost aclamaţi ca eroi de mulţi italieni, însă unii din cei acuzaţi în cursul anchetei continuă să considere că întreaga chestiune a fost doar o cruciadă motivată politic.
Numeroşi actuali politicieni au transmis condoleanţe şi au salutat realizările lui Borrelli. „(A fost un) magistrat de primă clasă, dedicat faţă de afirmarea supremaţiei şi respectului faţă de lege, care a servit Republica cu loialitate”, a afirmat preşedintele italian Sergio Mattarella.
În urma prăbuşirii vechii clase politice din cauza anchetei „Mâini curate”, Silvio Berlusconi, proprietarul unui imperiu media, a intrat în politică şi a fost ales premier în anul 1994. Însă ascensiunea sa a exacerbat conflictul între magistraţi şi politicieni; procurorii ce au instrumentat ancheta „Mâini curate” vizând şi numeroasele afaceri ale lui Berlusconi.
Într-un discurs cu ocazia pensionării sale, în 2002, Borrelli a îndemnat magistraţii „să reziste, să reziste, să reziste”, făcând referire la îndemnul unui general italian către trupele sale într-un moment critic al Primului Război Mondial.