Armata a pretins că este neutră, însă militanţii pentru drepturile omului susţin că aceasta a fost implicată atât în dispariţia, cât şi în torturarea protestatarilor, măsuri pe care egiptenii le asociau de mulţi ani cu temutele servicii de informaţii (SSI) ale ţării.
The Guardian a vorbit cu deţinuţi care susţin că au fost bătuţi sau au suferit alte tipuri de abuzuri în timp ce se aflau în custodia armatei, în ceea ce pare o campanie organizată de intimidare. Grupurile pentru apărarea drepturilor omului susţin că au fost folosite inclusiv şocuri electrice.
Potrivit acestora, numeroşi egipteni îşi caută disperaţi rudele care au dispărut în timp ce se aflau în custodia armatei. Cei eliberaţi au povestit despre abuzurile la care au fost supuşi de militari, acuzaţi că acţionează în numele unor puteri străine, inclusiv Hamas şi Israel.
Hossam Bahgat, directorul Iniţiativei egiptene pentru drepturile personale de la Cairo, susţine că sute şi posibil mii de persoane au „dispărut” în custodia armatei în ţară, doar pentru că afişau un manifest politic, participau la demonstraţii sau pentru modul în care se uitau. Mulţi sunt încă dispăruţi.
„M-au dus într-o încăpere. Un ofiţer a venit şi m-a întrebat cine m-a plătit să fiu împotriva Guvernului. Când am spus că vreau un Guvern mai bun, m-a lovit peste cap şi am căzut pe jos. Soldaţii au început apoi să mă lovească. Unul mă tot lovea între picioare”, a povestit una dintre persoanele care au fost deţinute şi care s-a prezentat drept Ashraf.
„Au spus că aş putea muri sau aş putea dispărea într-o închioare şi nimeni nu va şti vreodată. Tortura era dureroasă, dar ideea dispariţiei într-o închisoare era într-adevăr înspăimântătoare”, a continuat el.
Ashraf susţine că bătăile au continuat câteva ore, până când a fost dus într-o încăpere cu alţi aproximativ 12 bărbaţi, toţi torturaţi cu duritate. El a fost eliberat după circa 18 ore, cu avertismentul de a nu se mai întoarce în piaţa Tahrir.
Human Rights Watch susţine că a înregistrat 119 de arestări ale civililor de către armată, dar crede că sunt multe altele, al căror număr nu poate fi stabilit deoarece armata nu le anunţă.