Controversa cu privire la atitudinea adoptată de către Biserica Catolică argentiniană în timpul dictaturii a apărut imediat după alegerea lui Bergoglio, audiat de către justiţie ca martor, fără să fi fost vreodată acuzat.
În opinia arhiepiscopului din Sydney, un membru al Colegiului Cardinalilor, „aceste poveşti au fost respinse cu ani în urmă”.
„Directorul Amnesty International de la vremea respectivă a spus că acuzaţiile erau complet false. Erau defăimare şi minciună”, a declarat arhiepiscopul pentru postul de radio ABC.
Întrebat dacă în opinia sa ar fi necesar ca Papa Francisc să facă declaraţii în legătură cu acest subiect, cardinalul a răspuns „nu, absolut deloc”.
Critici ai lui Bergoglio denunţă rolul acestuia în dispariţia a doi misionari iezuiţi, Orlando Yorio şi Francisco Jalics, încarceraţi pe 23 martie 1976, iar ulterior torturaţi la Şcoala de Mecanică a Marinei (ESMA). Ei au fost eliberaţi cinci luni mai târziu.
Prelatul argentinian conducea, la vremea respectivă, iezuiţii din Argentina.
„Am făcut ceea ce am putut, la vârsta pe care o aveam, cu ajutorul puţinelor relaţii pe care le aveam, pentru a interveni în favoarea unor persoane sechestrate”, afirmă Jorge Bergoglio într-un volum de interviuri.