– 28 martie 2002 – palestinianul Abu Zubeida, colaborator apropiat al lui ben Laden, responsabil de recrutare, a fost arestat în Pakistan.
– octombrie 2002 – sauditul Abdel Rahim al-Nashiri, responsabil de operaţiunile pentru zona Golfului, a fost arestat în Emiratele Arabe Unite.
– 1 martie 2003 – presupusul organizator al atentatelor din 11 septembrie 2001, Khaled Sheikh Mohammed, a fost arestat în Pakistan.
– 14 august 2003: a fost arestat în Thailanda indonezianul Riduan Isamuddin, alias Hambali, suspectat că este reprezentantul al-Qaida în Asia de Sud-Est şi liderul reţelei teroriste regionale Jemaah Islamiyah.
– 18 iunie 2004 – sauditul Abdel Aziz ben Issa Al-Muqrin, liderul al-Qaida în Arabia Saudită, a fost ucis la Riyad. Predecesorul său, yemenitul Khaled Ali Ben Ali Haj, fusese ucis cu trei luni înainte.
– 2 mai 2005 – libianul Abu Faraj, liderul filialei al-Qaida din Pakistan, a fost arestat.
– 11 august 2005 – iordanianul Omar Othman, alias Abu Qatada, prezentat drept liderul al-Qaida în Europa, a fost arestat în Marea Britanie.
– 27 februarie 2006 – liderul al-Qaida din Arabia Saudită, Fahd Al-Joweir, a murit. Predecesorul său, Saleh Al-Ufi, fusese ucis în august 2005.
– 7 iunie 2006 – liderul al-Qaida din Irak, iordanianul Abu Mussab al-Zarqawi, a fost ucis într-un raid aerian.
– 25 septembrie 2006 – kuwaitianul Omar al-Faruk, unul dintre „locotenenţii” lui Osama ben Laden, a fost ucis la Basra, în sudul Irakului.
– 29 ianuarie 2008 – un lider al-Qaida din Afganistan, Abu Laith al-Libi, a fost ucis de o rachetă americană.
– 18 aprilie 2010 – liderul al-Qaida în Irak, Abu Omar al-Bagdadi, şi adjunctul acestuia, Abu Ayub al-Masri, au fost ucişi.
– 1 iunie 2010 – liderul al-Qaida în Afganistan, egipteanul Mustafa Abu al-Yazid, a fost ucis.
– 1 mai 2011 – liderul al-Qaida, Osama ben Laden, a fost ucis la Abbottabad, oraş situat la 50 de kilometri de Islamabad.
Numărul doi în ierarhia al-Qaida, Ayman al-Zawahiri, este în libertate.