Mulţumind lui Trump pentru onoarea de a sluji poporului american, dr. Atlas a spus că „s-a bazat întotdeauna pe cele mai recente dovezi ştiinţifice, fără nicio consideraţie sau influenţă politică”.
În timpul celor patru luni în care a jucat acest rol, Atlas a pus sub semnul întrebării necesitatea măştilor şi a altor măsuri pentru controlul pandemiei.
De asemenea, a avut dispute în mod repetat cu ceilalţi membri ai grupului de lucru pentru coronavirus. Pe lângă faptul că a pus la îndoială utilitatea măştilor, s-a pronunţat împotriva restricţiilor şi a promovat ideea imunităţii colective.
Experţi în sănătate publcă, cum ar fi Dr. Anthony Fauci şi Centrele pentru Controlul şi Prevenirea Bolilor (CDC), l-au acuzat pe Dr. Atlas că i-a oferit preşedintelui Trump informaţii false şi înşelătoare despre răspândirea virusului.
Colegii de la propria sa universitate l-au criticat cu tărie pentru că a promovat o viziune asupra Covid-19 în contradicţie cu ştiinţa medicală. Ei i-au salutat demisia, spunând că a fost „mult întârziată şi subliniază triumful ştiinţei şi adevărului asupra falsităţii şi dezinformării”.
În scrisoarea sa de demisie, rezentată de Fox News, doctorul Atlas a spus că sfatul său „s-a concentrat întotdeauna pe minimizarea tuturor daunelor provocate atât de pandemie, cât şi de politicile structurale în sine, în special pentru clasa muncitoare şi săraci”.