Abidal a evoluat ultima dată pentru FC Barcelona la 26 februarie 2012, într-o partidă cu Atletico Madrid.
Operat iniţial la 10 aprilie 2011 pentru înlăturarea unei tumori la ficat, Abidal a fost supus în aprilie 2012 unui transplant de ficat. La sfârşitul lunii decembrie, jucătorul a revenit la antrenamente. El a mai petrecut apoi câteva zile în spital pentru noi investigaţii, iar la începutul lunii februarie a început din nou să se antreneze. La 21 februarie, medicii echipei catalane l-au declarat apt de joc pe Abidal.
Francezul a jucat, la 19 martie, într-un meci amical pentru echipa a doua a FC Barcelona, care a întâlnit gruparea franceză Istres.