În faza sferturilor se va juca în conformitate cu Tabela Berger (locul 1 cu locul 8, locul 2 cu locul 7, locul 3 cu locul 6 şi locul 4 cu locul 5), meciurile fiind programate în 14 mai. O zi mai târziu vor avea loc semifinalele (de la orele 16.00 şi 18.00), iar după o zi liberă, în 17 mai, de la ora 11.00, se va juca finala Cupei României.
Competiţia similară la feminin nu se va disputa în sezonul 2008-2009, după ce membrii Comisiei Tehnice din cadrul FR Handbal au votat ca în Cupa Cupelor, unde normal ar fi urmat să joace câştigătoarea cupei, să participe în ediţia viitoare, formaţia clasată pe locul secund în Liga Naţională.