La începutul lunii martie, clubul bavarez a luat decizia de a se separa de antrenorul olandez Louis van Gaal la finalul sezonului, din cauza rezultatelor dezamăgitoare.
Heynckes era favorit pentru acest post pe care l-a mai ocupat de două ori, din 1987 în octombrie 1991 şi la finalul sezonului 2008/2009, după demiterea lui Jürgen Klinsmann.
El este şi prieten cu Uli Hoeness, preşedintele Consiliului de Supraveghere la Bayern.
„Jupp Heynckes era prima noastră alegere, suntem foarte fericiţi că am ajuns la un acord pentru un contract pe doi ani cu el. Sunt convins că vom avea o colaborare fructuoasă”, a declarat preşedintele clubului, Karl-Heinz Rummenigge.
Heynckes era antrenor la Bayer Leverkusen, care luni a anunţat că acesta va pleca la finalul sezonului.