În 2013, într-o emisiune televizată, Boogerd a recunoscut că a utilizat eritropoietină şi cortizon şi că şi-a făcut transfuzii de sânge.
De asemenea, rutierului olandez i-au fost şterse din palmares toate performanţele reuşite în perioada 2005-2007, printre care şi titlul de campion naţional.
Michael Boogerd, în vârstă de 43 de ani, a câştigat în cariera sa două etape în Turul Franţei, trei tiluri de campion naţional pe şosea (1997, 1998, 2006), şi cursele clasice Amstel Gold Race (1999), Brabantse Pijl (2001, 2003), Turul Emiliei (1999) şi Marele premiu Bruno Beghelli (1999).