Hamilton a fost penalizat deoarece şi-a schimbat de mai multe ori traiectoria, mergând în zigzag pentru a-l împiedica pe Alonso să îl depăşească. Fernando Alonso a reuşit apoi, cu zece tururi înainte de final, să îl depăşească pe Hamilton, însă a lovit cu aripa faţă spatele monopostului pilotului britanic şi a fost nevoit să facă o trecere suplimentară pe la boxe. Pentru acest incident, spaniolul a fost la rândul său penalizat cu 20 de secunde.
Deşi a rămas pe pistă mai multe tururi, pilotul britanic a avut de suferit mai mult, pierzând teren constant. Lewis Hamilton a încheiat al şaptelea cursa malaysiană, iar în urma penalizării a coborât pe poziţia a opta, în locul său trecând japonezul Kamui Kobayashi (Sauber). Fernando Alonso a terminat cursa pe poziţia a şasea şi a rămas pe acest loc în urma penalizării, deoarece între el şi următorul clasat, Hamilton, era o diferenţă mai mare de 20 de secunde.
Marele Premiu al Malaysiei a fost câştigat de pilotul german Sebastian Vettel (Red Bull).