Jansen a făcut parte din lotul Germaniei la Cupa Mondială din 2006 şi la cea din 2010, când „nationalmannschaft” a cucerit de fiecare dată medaliile de bronz. De asemenea, el a participat la Euro-2008, intrând pe teren în minutul 46 al finalei pierdute de Germania, scor 0-1, în faţa Spaniei. Jansen l-a înlocuit atunci pe Philipp Lahm.
La nivel de club, Marcell Jansen a evoluat la Borussia Mönchengladbach, Bayern Munchen şi Hamburger SV. Cu ultima grupare, Jansen a avut contract până în această vară, dar clubul a decis să nu-i prelungească înţelegerea, după ce jucătorul a evoluat doar în 11 meciuri, în sezonul 2014/2015 al Bundesliga.