Formaţiile calificate joi sunt: Eintracht Frankfurt (grupa F), Genk (grupa G), FC Sevilla (grupa H), Olympique Lyon, Betis Sevilla (ambele grupa I), Trabzonspor, Lazio Roma (ambele grupa J), Anji Mahacikala (grupa K), PAOK Salonic, AZ Alkmaar (ambele grupa L).
Anterior, au obţinut calificarea Valencia (grupa A), Ludogoreţ Razgrad (grupa B), FC Salzburg, Esbjerg (ambele grupa C), Rubin Kazan (grupa D), Fiorentina, Dnepr Dnepropetrovsk (ambele grupa E) şi Tottenham Hotspur (grupa K).
În 16-imile de finală ale Ligii Europa vor evolua primele două clasate din fiecare grupă şi echipele care vor termina pe locul trei în grupele Ligii Campionilor.