Victima unui accident cerebral, Carpenter a murit într-un spital din Denver, Colorado (vest).
Ales, în 1959, printre primii astronauţi ai NASA, Carpenter a realizat primul său zbor în spaţiu pe 24 mai 1962. El a devenit atunci al şaselea om din lume care a ajuns în spaţiu. În timpul acestei misiuni – Mercury-Atlas 7 -, Carpenter a înconjurat Pământul de trei ori, a realizat nişte experimente şi a consumat pentru prima dată mâncare solidă, respectiv câteva pătrăţele de ciocolată, smochine şi curmale, amestecate cu cereale cu conţinut proteic mare.
După decesul acestuia, John Glenn, în vârstă de 92 de ani, rămâne singurul membru supravieţuitor al primului program spaţial american Mercury.
Scott Carpenter a fost pilotul de rezervă al lui John Glenn, atunci când acesta a efectuat primul zbor american pe orbita Terrei, pe 20 februarie 1962, o performanţă reuşită pentru prima dată de astronautul sovietic Iuri Gagarin, în aprilie 1961.
În mai 1962, Scott Glenn a devenit al doilea astronaut american care a efectat un astfel de zbor, care a fost, de altfel, şi singurul pe care l-a realizat şi a durat 4 ore şi 54 de minute.
După misiunea Atlas 7, Carpenter a devenit adjunctul directorului Manned Spacecraft Center – în prezent Centrul Spaţial Johnson din Houston – şi a contribuit la conceperea modulului lunar Apollo, dar şi la îmbunătăţirea programelor de antrenare subacvatică, parte a antrenamentelor pe care le fac astronauţii în vederea misiunilor spaţiale.